ほとんどの卒団生が、高校に進学しても野球を続けています。 新宿シニアでは、選手の希望に添った進路相談を通じ、選手に応じた進路指導を行っています。 以下は、最近の卒団生が進学した主な高校の一覧です（順不同）。 【私立】
都立王子総合高等学校
都立城東高等学校
都立総合工科高等学校
都立高島高等学校
東海大学付属 相模高等学校
桐光学園高等学校
桐蔭学園
千葉英和高等学校
拓殖大学紅陵高等学校
あずさ第一高等学校
浦和学院高等学校
慶應義塾志木高等学校
埼玉栄高等学校
花咲徳栄高等学校
霞ヶ浦高等学校
つくば国際大学高等学校
東洋大学附属牛久高等学校
常磐大学高等学校
健大高崎高等学校
國學院大學栃木高等学校
佐野日本大学高等学校
誠恵高等学校
静清高等学校
飛龍高等学校
東海大学付属静岡翔洋高等学校
日本航空高等学校
山梨学院高等学校
松商学園高等学校
佐久長聖高等学校
東京都市大学塩尻高等学校
専修大学北上高等学校
東日本国際大学附属 昌平高等学校
日南学園高等学校
松山聖陵高等学校
帝京第五高等学校
東海大学付属札幌高等学校
